Target pembelajaran MITQ Al-Furqon secara umum adalah sebagai berikut:
1. Selesai menghafal 30 juz
2. Santri memiliki akhlak yang mulia
3. Santri dapat menerapkan dasar-dasar ilmu Islam dalam kehidupan sehari-hari
4. Santri dapat melaksanakan ibadah sesuai dengan sunnah Rosululloh
5. Santri dapat berinteraksi dengan lingkungan sosialnya